Después de más de 40 años de ministerio en el país, SEAN ha experimentado modificaciones en su organización interna, por lo que el liderazgo ha tenido diferentes nomenclaturas (encargado, presidente, director). Actualmente el ministerio cuenta con la figura del Director, quien desempeña sus labores como parte del personal de AIBC.
Reconocemos el aporte de cada persona que ha asumido la dirección del ministerio SEAN Costa Rica, y como parte de la historia del Seminario recuperamos la lista de siervos que estuvieron dispuestos para esta labor desde la fundación de SEAN en 1979 junto a AIBC:
Guillermo (William) Brown Burns (encargado de SEAN, 1979-1981)
Carlos Enrique Durán (Presidente de Comité SEAN, 1982-1983)
Miguel Barrientos (Presidente de Comité SEAN, 1984)
Carlos Soto Delgado (Presidente de Comité SEAN, 1985)
Rodrigo Granados Calderón (Presidente de SEAN Costa Rica, 1986-1988)
Kevin Jezequel Garippa (Presidente de SEAN Costa Rica, 1989-1990)
Charles W. (Carlos) Derr (Presidente de Comité SEAN, 1992-1992)
Manuel Delgado (Presidente de Comité SEAN, 1993)
Charles W. (Carlos) Derr (Presidente de Comité SEAN, 1994)
Sadrac Carballo Meza (Presidente de Comité SEAN, 1995)
Rodrigo Granados Calderón (Presidente de SEAN Costa Rica, 1996-2000)
Sara Granados Fernández (Presidente de SEAN Costa Rica, 2001-2005)
Luis Antonio Rodríguez Murillo (Presidente de SEAN Costa Rica, 2006-2021)
Anthony Sibaja Solís (Director de SEAN Costa Rica desde 2022)